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Area Studenti => L'angolo del tecnico => Topic started by: Daréios89 on 13-04-2013, 21:11:07



Title: Problema con download su ubuntu tramite comando wget
Post by: Daréios89 on 13-04-2013, 21:11:07
Salve a tutti, dovrei scaricare il contenuto di questo sito:

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/release/complete/ (ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/release/complete/)

e ho pensato ad un comando come:

Code:
mkdir refseq_data
cd refseq_data
wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/release/complete/*.gbff.gz
gzip -d *.gz

Solo che al momento dell' esecuzione di questo file formato .sh ho errori....questi:

Code:
./DownloadAndPrepareBio4jSources.sh
mkdir: impossibile creare la directory "refseq_data\r": File già esistente
--2013-04-13 22:07:13--  ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/release/complete/*.gbff.gz%0D
           => ".listing"
Risoluzione di ftp.ncbi.nih.gov (ftp.ncbi.nih.gov)... 130.14.250.11, 2607:f220:41e:250::10
Connessione a ftp.ncbi.nih.gov (ftp.ncbi.nih.gov)|130.14.250.11|:21... connesso.
Accesso come utente anonymous ... Login eseguito!
==> SYST ... fatto.    ==> PWD ... fatto.
==> TYPE I ... fatto.  ==> CWD (1) /refseq/release/complete ... fatto.
==> PASV ... fatto.    ==> LIST ... fatto.

    [                      <=>              ] 2.800.182    697K/s   in 5,5s    

2013-04-13 22:07:21 (496 KB/s) - ".listing" salvato [2800182]

".listing" rimosso.
Nessun corrispondenza con il modello "*.gbff.gz\r".
gzip: *.gz: No such file or directory

Perchè come errore spunta nessuna corrispondenza trovata se dal sito si vede che cartelle con quelle estensioni ci sono?

EDIT: noda del mod. corretto tag URL in FTP


Title: Re:Problema con download su ubuntu tramite comando wget
Post by: ɹǝǝuıƃuǝsɹǝʌǝɹ on 14-04-2013, 23:57:38
Sono quasi certo che tu hai scritto lo script su Windows o comunque con un editor che supporta gli a-capo stile MAC (e non stile UNIX), ovvero con il simbolo '\r' (o la sequenza '\r\n') invece del semplice e corretto '\n'.

Questo problema si manifesta per ben due volte, con dichiarazioni di errore piuttosto chiare, come:
mkdir: impossibile creare la directory "refseq_data\r": File già esistente
Quel '\r' alla fine non è casuale.

E anche in:
Nessun corrispondenza con il modello "*.gbff.gz\r".
Ove, anche in questo caso, quella '\r' non è casuale.

La '\r' potrebbe precedere immediatamente '\n', infatti mostrando il testo vedi correttamente che va a capo, perché viene riconosciuto almeno '\n', il carattere non-stampabile '\r' non si vedrebbe comunque, seppur presente.

Suggerisco di riscrivere da zero lo script che tu hai salvato nel file DownloadAndPrepareBio4jSources.sh.
Anzi, ancora meglio! Non passare nemmeno da uno file esterno: scrivi tutto dentro la shell! Almeno mentre fai prove .smile!


Title: Re:Problema con download su ubuntu tramite comando wget
Post by: LtWorf on 15-04-2013, 14:10:52
Aggiungo che quell'asterisco nei parametri di wget viene espanso dalla shell, quindi non serve per scaricare i file che soddisfano quel pattern.