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Author Topic: info relazione eureqa tests - implementazione algoritmi progetti  (Read 5946 times)
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rabbit
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« on: 23-08-2011, 17:40:52 »

Salve ragazzi,
nei datasets dei progetti della suddetta disciplina, le variabili rappresentano come varia l'espressione dei trascritti di specifici RNAs nel tempo(in intervalli temporali)? E che relazione c'è secondo voi tra i test fatti con eureqa e gli algoritmi dei progetti?
Eureqa stima funzioni, gli algoritmi generano networks di relazioni.  pc
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Brennan
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« Reply #1 on: 23-08-2011, 17:51:40 »

Salve ragazzi,
nei datasets dei progetti della suddetta disciplina, le variabili rappresentano come varia l'espressione dei trascritti di specifici RNAs nel tempo(in intervalli temporali)?
a quanto mi risulta sì.
Quote
E che relazione c'è secondo voi tra i test fatti con eureqa e gli algoritmi dei progetti?
Eureqa stima funzioni, gli algoritmi generano networks di relazioni.  pc
perché questa domanda? vuoi confrontare i risultati di eureqa con quelli degli algoritmi?
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rabbit
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« Reply #2 on: 23-08-2011, 18:03:40 »

Voglio capire il nesso prima di tutto, e poi magari avere un conforto, cioè che l'algoritmo che ancora devo implementare funzioni..si esattamente. Sai.. passerò in input all'algoritmo un file di testo formattato come i files dei datasets..tu come stai facendo?

Dei tests, nell'articolo scientifico del mio progetto, c'è qualche riferimento ai dataset utilizzati, ma non so come trovarli in rete.

Per i risultati ottenuti dai tests di Eureqa sarebbe bello confrontarci..in caso ci teniamo in contatto.

« Last Edit: 15-09-2011, 18:30:43 by rabbit » Logged
Brennan
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« Reply #3 on: 23-08-2011, 20:16:40 »

beh penso che il formato dipenda dall'algoritmo che stai implementando. Eureqa non l'ho ancora visto, ma l'ho sempre considerato come un esperimento indipendente rispetto all'algoritmo da implementare (anche perché si lavora su dataset differenti).
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rabbit
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« Reply #4 on: 23-08-2011, 22:19:21 »

ok  pc
alla prossima allora
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rabbit
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« Reply #5 on: 15-09-2011, 18:54:45 »

Ciao! senti sono ancora io,  se leggi potresti dirmi se hai il mio stesso dubbio?
Ti spiego:
Ci sono stati forniti dei dataset alcuni sono per Eureqa, ed identici per tutti i gruppi, altri sono specifici dell'algoritmo da implementare; questi ultimi si testano anche con Eureqa; secondo te posso servire pure per testare l'algoritmo specifico?
Leggendo la documentazione fornitaci mi sono fatto l'idea che abbiamo a che fare con lo stesso argomento, sebbene abbiamo algoritmi diversi, penso che potresti saper rispondere. Ascolta, io ho bisogno di una matrice ai Microarray e la sua rispettiva pathway, prendo la matrice e la passo all'agoritmo e mi aspetto di trovare la medesima pathway. Il problema è dove trovo questi dati già convalidati(microarray e pathway). I database online Kegg e Geo potrebbero essere il punto di partenza. Ho il sospetto che però i dataset degli algoritmi specifici siano proprio i dati convalidati, se fosse così nel mio articolo scientifico io ho la pathway e potrei procedere. Spero che sai qualcosa in più di me..
Ciao  

« Last Edit: 15-09-2011, 22:07:46 by rabbit » Logged
Brennan
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« Reply #6 on: 16-09-2011, 22:12:03 »

ciao,
ho riletto attentamente l'email dell'assegnazione dei lavori e credo di poter affermare con una buona dose di certezza che :

  • Il primo dataset (e soltanto quello) va utilizzato per Eureka;
  • Gli altri tre dataset vanno utilizzati per gli altri algoritmi (e solo per quelli);
  • Sono stati forniti gli stessi dataset a tutti i gruppi;
  • In generale Eureka e l'altro algoritmo vanno considerati come due esperimenti differenti, rispettivamente regressione simbolica mediante GP il primo e reverse engineering mediante tuo_algoritmo il secondo

Per quanto riguarda il tuo algoritmo mi spiace ma non credo di saperti aiutare (non so neanche qual'è!). Se fa la stessa cosa che fa il mio, il tuo compito è quello di inferire una network a partire dai dati in tuo possesso, in cui i nodi rappresentano i geni e gli archi delle relazioni tra essi.
Mi risulta (ho chiesto in precedenza al professore) che non disponiamo dei risultati reali (se ho ben capito quello che intendi) per verificare se il nostro algoritmo funziona a dovere.
Spero di averti aiutato.

Ciao e buon lavoro


 
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rabbit
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« Reply #7 on: 16-09-2011, 22:35:12 »

sei gentilissimo..mi sei stato di aiuto si..grazieee ; )
per qualsiasi cosa contattami..ciaoo
« Last Edit: 16-09-2011, 22:36:51 by rabbit » Logged
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