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Author Topic: Problema con download su ubuntu tramite comando wget  (Read 1977 times)
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Daréios89
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La musica è la forma d'arte suprema.


« on: 13-04-2013, 21:11:07 »

Salve a tutti, dovrei scaricare il contenuto di questo sito:

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/release/complete/

e ho pensato ad un comando come:

Code:
mkdir refseq_data
cd refseq_data
wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/release/complete/*.gbff.gz
gzip -d *.gz

Solo che al momento dell' esecuzione di questo file formato .sh ho errori....questi:

Code:
./DownloadAndPrepareBio4jSources.sh
mkdir: impossibile creare la directory "refseq_data\r": File già esistente
--2013-04-13 22:07:13--  ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/release/complete/*.gbff.gz%0D
           => ".listing"
Risoluzione di ftp.ncbi.nih.gov (ftp.ncbi.nih.gov)... 130.14.250.11, 2607:f220:41e:250::10
Connessione a ftp.ncbi.nih.gov (ftp.ncbi.nih.gov)|130.14.250.11|:21... connesso.
Accesso come utente anonymous ... Login eseguito!
==> SYST ... fatto.    ==> PWD ... fatto.
==> TYPE I ... fatto.  ==> CWD (1) /refseq/release/complete ... fatto.
==> PASV ... fatto.    ==> LIST ... fatto.

    [                      <=>              ] 2.800.182    697K/s   in 5,5s    

2013-04-13 22:07:21 (496 KB/s) - ".listing" salvato [2800182]

".listing" rimosso.
Nessun corrispondenza con il modello "*.gbff.gz\r".
gzip: *.gz: No such file or directory

Perchè come errore spunta nessuna corrispondenza trovata se dal sito si vede che cartelle con quelle estensioni ci sono?

EDIT: noda del mod. corretto tag URL in FTP
« Last Edit: 14-04-2013, 23:46:48 by reversengineer » Logged

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Più grande è la lotta, e più è glorioso il trionfo


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« Reply #1 on: 14-04-2013, 23:57:38 »

Sono quasi certo che tu hai scritto lo script su Windows o comunque con un editor che supporta gli a-capo stile MAC (e non stile UNIX), ovvero con il simbolo '\r' (o la sequenza '\r\n') invece del semplice e corretto '\n'.

Questo problema si manifesta per ben due volte, con dichiarazioni di errore piuttosto chiare, come:
mkdir: impossibile creare la directory "refseq_data\r": File già esistente
Quel '\r' alla fine non è casuale.

E anche in:
Nessun corrispondenza con il modello "*.gbff.gz\r".
Ove, anche in questo caso, quella '\r' non è casuale.

La '\r' potrebbe precedere immediatamente '\n', infatti mostrando il testo vedi correttamente che va a capo, perché viene riconosciuto almeno '\n', il carattere non-stampabile '\r' non si vedrebbe comunque, seppur presente.

Suggerisco di riscrivere da zero lo script che tu hai salvato nel file DownloadAndPrepareBio4jSources.sh.
Anzi, ancora meglio! Non passare nemmeno da uno file esterno: scrivi tutto dentro la shell! Almeno mentre fai prove !
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La grande marcia della distruzione mentale proseguirà. Tutto verrà negato. Tutto diventerà un credo. È un atteggiamento ragionevole negare l'esistenza delle pietre sulla strada; sarà un dogma religioso affermarla. È una tesi razionale pensare di vivere tutti in un sogno; sarà un esempio di saggezza mistica affermare che siamo tutti svegli. Accenderemo fuochi per testimoniare che due più due fa quattro. Sguaineremo spade per dimostrare che le foglie sono verdi in estate. Non ci resterà quindi che difendere non solo le incredibili virtù e saggezze della vita umana, ma qualcosa di ancora più incredibile: questo immenso, impossibile universo che ci guarda dritto negli occhi. Combatteremo per i prodigi visibili come se fossero invisibili. Guarderemo l'erba e i cieli impossibili con uno strano coraggio. Saremo tra coloro che hanno visto eppure hanno creduto.

In tutto, amare e servire.

  
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...nutrimi, o Signore, "con il pane delle lacrime; dammi, nelle lacrime, copiosa bevanda...

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LtWorf
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Ogni cosa da me scritta è da intendersi come opinione personale e non come dato di fatto. Anche le eventuali dimostrazioni matematiche da me scritte saranno opinioni personali e quindi dovranno venire dimostrate da una terza parte di fiducia


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« Reply #2 on: 15-04-2013, 14:10:52 »

Aggiungo che quell'asterisco nei parametri di wget viene espanso dalla shell, quindi non serve per scaricare i file che soddisfano quel pattern.
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There are some OO programming languages. I will create the first -_-' language.

LtWorf
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